昨天晚上，乔·莱杰和回声小队从伊朗营救出一群被扣作人质的美国大学生。今早伊朗政府向乔寻求帮助，希望他能够帮忙找到埋在中东油田的六颗核弹。
然后事情变得非常棘手：偷窃来的大规模杀伤性武器，禁断信息的隐藏地窖，大规模谋杀，背叛和渴求鲜血的基因改造杀手兄弟会。名叫瓦尔琳（Violin）的漂亮刺客伴随乔，遵照着一系列的线索找到了《暗影之书》（Book of Shadows），这本书蕴含了一个可怕的事实，这个事实威胁着要打破他的全部世界观。
他们说这个事实将会给你自由。但是并不是这一次。《刺客代码》所涵盖的秘密将会闪耀世界。