在自己的家族历史的启发下，克里斯蒂安·贝克尔描绘了时运不济的柏林人萨拉（Sala）和奥托（Otto）的生活：他们在纳粹和逮捕他们的俄罗斯人手中遭受的痛苦，他们的分离、生存和团聚，以及他们之间持续不断的爱情。
柏林，1932年：17岁的奥托是一个与他人格格不入的人，他在拳击俱乐部里找到了稳定和安慰，远离了虐待他的继父和麻烦不断的童年。但是很快，奥托就被卷入了另一群人的世界中，这是一个叫做“伊梅尔特鲁”的有组织犯罪团伙，并且因此闯进了弗里德瑙的一栋宏伟的房子里，在那儿的图书室里头一次遇见了当时13岁的萨拉。当警察抵达，要逮捕奥托和他的窃贼同伙时，萨拉一言不发地把奥托藏了起来。
两人都不知道，尽管他们此生将面临的战争、流离失所和监禁会把他们分开，但此时此刻，是他们持续了一生的爱情故事的开端。
萨拉成长于一个富裕的犹太知识分子家庭，与奥托的工人阶级、新教徒背景截然不同，但正是这一点迫使她在1938年逃离德国，搬到巴黎与一位迷人的姑妈一起居住。与此同时，奥托则成了德国军队的一名医生，当纳粹进军巴黎时，他穿着制服出现在了萨拉的门口。在奥托前往前线、萨拉试图逃离巴黎的前一天，他们两人一直待在一起。然而，萨拉的逃跑企图遭到背叛，她被送往比利牛斯山脉的一个集中营，之后要在那里登上开往奥斯维辛的火车。不过运气这次站在了萨拉这一边，她最终来到莱比锡，并在那里被一对年长的夫妇收留，还获得了一个新的身份。在一次与奥托短暂的重逢之后，这对恋人的命运再次被推向了不同的方向——萨拉现在怀孕了，而在前线经历了残酷战争的奥托，被苏联红军俘虏，被带走并监禁在一个劳动集中营里。
奥托在集中营里挣扎求生的时候，萨拉生下了孩子，战争结束后，她回到了柏林。她意识到，这座城市现在永远不可能成为她真正的家，于是她去了马德里，后来又去了阿根廷，她希望在逃亡九年后，能在那里最终找到和平——但是这个希望是徒劳的，她不久就又回到了柏林。奥托和其他许多被苏联红局囚禁的德国人一样，直到1950年才被释放。
回到柏林后，萨拉在电话簿上看到了他的名字，她知道，自己必须给他打电话。他们约在咖啡馆见面，萨拉穿着一件和她在父亲的图书室里第一次见到奥托时穿的一模一样的衣服。在奥托等待萨拉的这段时间里，他的一生在他的眼前闪过。而当萨拉终于到了的时候，他被她的美丽惊呆了。他们手挽着手离开了咖啡馆。
克里斯蒂安·贝克尔讲述了关于他的家庭的三代人的动人故事，从柏林到巴黎、马德里、莫斯科和布宜诺斯艾利斯，再回到柏林，在这个叙事的框架里，他把他与母亲萨拉的对话记录了下来，但是因为她的记忆被不断恶化的痴呆症扭曲，他必须自己研究，找出这个故事的真相。《苹果树》讲述了一个德国的故事，它优雅、富有纹理，故事里的两个恋人尽管经历了历史和命运带给他们的阻碍，却从不曾放弃彼此。