在不久的未来（我们的世界在未来10年或20年的时间中），地球被宇暴射线所击中，所有有机物都被毁灭殆尽（就像中子弹爆炸一样）。无生命的物质则没有受到伤害。生活在地球一个半球上的人们在几秒之内就死去了；而生活在另一半地球上的人们则最多有12小时来作出反应。想要在这场辐射中自保、藏身或是逃离绝无出路。
在灾难发生前的几年里，第一个用于读取人的神经结构的原始设备（作为个人电脑或游戏机的附属设备）被投入使用。现在，有些人试图以这种方式从这场灭顶之灾中“幸存”下来，创建自己的无机副本，将自己转换成在服务器上处理的数据文件以继续存活。（但这些文件能否保存一个人全部的性格、记忆和连续的感知却无从知晓）。
在这场灾难过后，人们尝试回到现实世界中。没有像《黑客帝国》（Matrix）中那样的虚拟现实环境，他们无法像在互联网上游荡的幽灵一样仅仅在心理上存活下来。对于这些被转换了形态的人们而言，唯一的方法就是进入远程控制的类人机器体内。
在这场灾难前，机器人领域的发展已经见证了第一批机器人模型的大规模生产和销售，这些机器人专为医疗、养老、艰苦工作环境以及包括如士兵、警察、性机器人在内的类人机器人功能而设计。这些被转换了的人拥有这些机器人资源。最多数量的机器人在日本被使用，因此这个故事的第一部分就发生在东京。
这个故事展现了这些转换人文明发展的三个阶段：灾难后的一千天、一万天和十万天（大概是3年、27年和274年）。在第一和第二阶段，机器人的设计直接源自当代的工业、军事、医疗和服务。而在第三阶段，设计则截然不同。
转换人从已故科学家的数据库中提取了特定植物和动物的整个基因组序列，以及无机物合成有机化合物（DNA等）的算法。他们做了各种各样的尝试来在地球上重建生命。然而，生命2.0的结果总是不太相同。表观遗传学的差异导致了更大的表型差异。各种版本的智人2.0(“ID人”（“humanid”）)由机器人抚养长大，并从人类流行文化档案中学习如何成为人。随后ID人再自行进行转换。他们开始设计并制作机器人，尽管到目前为止这些都是全新的设计，在生物和数字转换的几个层面从我们的美学中被割裂开来。