六十年前，一场瘟疫摧毁了一个城市的文明，在面临各种生存危机的挑战下，城里幸存的人们将如何延续他们的生命？造成这样的局面是天灾还是人祸？一切都将在谎言被拆穿后得以揭晓……
从前有这样一座城市，这个城市的人们很害怕鸟，并将其视为邪恶之源，因为鸟会传播瘟疫。鸟类的破坏使这个城市人心惶惶，于是议会决定成立一个避难所，将城区里健康的人民聚集在一起，每天发放供给。可是很快城区的食物就消耗殆尽了。艾士丽的父亲供职于议会，并且受命率领2000名最强壮的勇士们去城区外探索，寻求生机。就这样，艾士丽不得不离开他唯一的亲人，被避难所的一家人收养。收养她的女主人是一个非常苛责的恶妇人，艾士丽的日子过得十分艰难，很快沦为他们的仆人。
一天，艾士丽正在辛苦的擦洗杯子，烧热水，可是窗台上飞来了一只鸟，艾士丽很害怕，还打破了一个瓷器，但是那只鸟并没有攻击她。在后来的几天，艾士丽发现了三只鸟，还有一只鸟的腿上附了一张纸条，只有三个词——“秘密，希望，菲利克斯。”那是他唯一的弟弟，可是这个弟弟在父亲决定远行的时候就被别人带走了，现在传来的这个消息会不会是真的呢，如果是真的，这两个词又意味着什么呢？菲利克斯为什么会和鸟相处呢？鸟真的像人们传的那样很邪恶吗……这一系列的问题，让艾士丽开始意识到他们生活的避难所也许并不是那么安全，议会和教父的决策可能是错误的。
城区守卫每天都在紧张地巡逻，以防鸟类进入到避难所里，每天还有顽固不化的老学究们，想着怎么抵御鸟的方法，就这样没有了鸟的存在，城区里的害虫肆无忌惮，杀虫剂已经对它们没有效果了，就这样大家赖以生存的作物颗粒无收，花园的植物也惨遭破坏，避难所里就显得更加没有生机了。但是人们还是生活在议会和教父的统治下，大家不敢质疑他们的决定，可是艾士丽受到的压迫，让她越来越想脱离避难所。
终于，她逃出去了，从此踏上了寻找父亲和弟弟的旅途。在城外，艾士丽碰到了一群同样幸存下来的可怜人，他们一起在外闯荡，互相帮助。艾士丽和弟弟重聚后，她发现他已经变了，变得非常不可思议——艾利克斯成为了一个传奇人物，他可以和鸟说话，可以像鸟一样飞，但是这些真的是好的吗？这样艾利克斯不就变成了议会和教父的敌人了吗？父亲又在哪里呢？
艾士丽思考了很久，她决定自己一定要找出事情的真相，还人民一片安宁的生活，也希望自己的家人都能团聚。