正值1861年，幸子是长于日本深山偏僻村庄的女孩。从小，她就感觉到自己的与众不同。过于苍白的皮肤和姣好的面容，与黝黑粗糙的农家子弟格格不入。而后，就在她11岁的时候，她的人生整个天翻地覆了。一个贵妇人经过了她的村庄，把她带去了江户的“大奥”。“大奥”里面充满着声色、阴谋和权势的斗争，整个宫殿里面有三千的女子，却只有一个男人——年轻的将军。幸子被选为将军的侍妾。
但是日本正处于变革之中，西方来临的黑船，带来了利欲熏心的外国人，想在日本寻找黄金，把日本纳入他们的殖民帝国之中。当内战爆发时，幸子逃出宫殿，去寻找他自己的生活。在逃离的过程中，幸子被一个反叛军所救，并与这个反叛军相爱。但是在她能够梦想着和她所爱的人共同生活之前，她必须解开自己的身世之谜——一个包含着重大错误的谜团，而这个谜团如此的可怕，甚至有着摧毁她的威胁。
这个故事设定在日本历史上最动乱的时期之一，幸子的故事是一个扣人心弦的冒险故事与极端浪漫的故事的结合。从在江户最神秘最美丽的大奥到宫墙外面的血腥的战斗。《末代王妃》的故事，既是一个国家在革命中的史诗般的召唤，也是一个年轻女子去发掘她的真实身份的追寻。